ApacheTika、PlantUML、q、yqコマンドがダウンロードできない環境では、展開された WinMerge フォルダを%APPDATA%\ にコピーしてください
(%APPDATA%\WinMerge フォルダがあれば上書きしてください)

※ %APPDATA% は、エクスプローラのアドレスバーに %APPDATA% に入力してEnterキーを押したときに移動するフォルダです。

または、展開された WinMerge フォルダ内の Commands フォルダを C:\Program Files\WinMerge\Commands に上書きしてもコマンドが認識されるようになります。
