## API(Application Interface)

- llDataFileRead
    llDataFileRead(
    FILE* fptIn,
    llData* llDataIn,
    llDataParaTypeInteger* status
    )
- llDataFileWrite
    llDataFileRead(
    FILE* fptIn,
    llData* llDataIn,
    llDataParaTypeInteger* status
    )

## Information from source codes

    ../src/llDataCheck.c:

    ../src/llDataETC.c:

    ../src/llDataError.c:

    ../src/llDataGet.c:

    ../src/llDataInfo.c:

    ../src/llDataInit.c:

    ../src/llDataIntensityInformationGet.c:

    ../src/llDataPVM.c:

    ../src/llDataRead.c:

    ../src/llDataSet.c:

    ../src/llDataUtil.c:

    ../src/llDataWrite.c:

    ../src/lll2ltlg.c:

    ../src/lllDataAdd.c:

    ../src/lllDataAverage.c:

    ../src/lllDataAvgTo.c:

    ../src/lllDataAxisSearch.c:

    ../src/lllDataAxisSearch2.c:

    ../src/lllDataAxisSearchAndAverage.c:

    ../src/lllDataCTFCompensate.c:

    ../src/lllDataCTFObservation.c:

    ../src/lllDataCompare.c:

    ../src/lllDataContributionCalcDifferentN.c:

    ../src/lllDataDifferenceCalc.c:

    ../src/lllDataEquatorAdd.c:

    ../src/lllDataExtract.c:

    ../src/lllDataFit.c:

    ../src/lllDataFit2.c:

    ../src/lllDataFitAndAverage.c:

    ../src/lllDataFitMergedLL.c:

    ../src/lllDataFitOut.c:

    ../src/lllDataFitParamInverse.c:

    ../src/lllDataFitUtil.c:

    ../src/lllDataFitUtilPVM.c:

    ../src/lllDataInterpolate.c:

    ../src/lllDataLowPassFiltering.c:

    ../src/lllDataMergeDifferentN.c:

    ../src/lllDataMultiCTFCompensation.c:

    ../src/lllDataPhaseShift.c:

    ../src/lllDataPrint.c:

    ../src/lllDataRescaling.c:

    ../src/lllDataSingleCTFCompensation.c:

    ../src/lllDataWeightSet.c:

    ../src/lllDatarMaxLimit.c:

## llData.h

    /*
    # %M% %Y% %I%
    # The latest update : %G% at %U%
    #
    #%Z% llData.h ver %I%
    #%Z% Created by
    #%Z%
    #%Z% Usage : llData.h
    #%Z% Attention
    #%Z%
    *       Edited by tacyas@tkyemg
    *       1992.10.24-
    */

    #ifndef LL_DATA_H
    #define LL_DATA_H

    #include
    #include
    #include "ctfInfo.h"

    /* constant begin */
    typedef unsigned int llDataStatusType;

    #define llDataStatusOK          ((llDataStatusType)0x00000000)

    /* ReferFile */
    #define llDataCanNotReadFile    ((llDataStatusType)0x00010000);
    #define llDataCanNotWriteFile   ((llDataStatusType)0x00010001);

    #ifdef __LLDATAINIT__
    char* llDataErrorMsgReferFile[] = {
        "File Pointer ",
        ""
    };

    char* llDataReferenceData[] = {
    "Amos,L.A. & Klug,A. J.Mol.Biol(1975),99,51-73",
    "  Three-dimensional Image Reconstructions of the Contractile Tail of T4 Bacteriophage",
    "  Appendix: Combination of Data from Helical Particles : Correlation and Selection",
    "              Amos,L.A",
    "              delta(theta)= -n*delta(phi) + 2*PI*Z*delta(z)",
    "                Klug,A. Crick,A., F.H.C. & Wyckoff,H.W. Acta Crystallogr.sect.(1958),11,199-213",
    NULL
    };

    #else
    extern char* llDataErrorMsgReferFile[];
    extern char* llDataReferenceData[];
    #endif

    #define DefaultStringLength (256)
    #define NearSide    (0)
    #define FarSide     (1)
    #define AverageSide (2)
    #define SidePosition (14)
    #define CommentLength  (80)
    #define WeightPosition (SidePosition+4+CommentLength)
    #define NNPosition     (WeightPosition+12)
    #define NLPosition     (NNPosition+5)
    #define LLDataFormat  "%12.5e%12.5e%12.5e\n"
    #define LLDataFormat0 "%12.5e%12.5e%12.5e"
    #define LLDataFormat1 "%12.5e %12.5e %12.5e"
    #define RRPosition     (0)
    #define FPosition      (RRPosition+12)
    #define PHIPosition    (FPosition +12)

    #define PVALUE_MODE  (0x01)
    #define QVALUE_MODE  (0x02)
    #define RVALUE_MODE  (0x04)
    #define Q2VALUE_MODE (0x08)

    typedef int   llDataParaTypeInteger;
    typedef float llDataParaTypeReal;
    typedef enum llDataPole {
    	llDataPoleNormal = 0,
    	llDataPoleAnti   = 1
    } llDataPole;

    typedef enum llDataMode {
        llDataModeMemoryNotAllocate = 0,
        llDataModeMemoryAllocate = 1
    } llDataMode;
    /* contant end */

    /* struct begin */

    typedef struct llComplex {
        llDataParaTypeReal      R;  /* Spherical R */
        llDataParaTypeReal      RR; /* Radial R    */
        llDataParaTypeReal      F;  /* F*exp(PHI)  */
        llDataParaTypeReal      PHI;
        llDataParaTypeReal      Re; /* Re + i * Im */
        llDataParaTypeReal      Im;
    } llComplex;

    typedef struct oneLLData {
        char					Head[DefaultStringLength]; /* Comment */
    	llDataParaTypeReal      Weight;  /* Weight of This Layer Line */
        llDataParaTypeInteger   nn;      /* The [n] dim. Bessel function */
        llDataParaTypeInteger   nl;      /* The [l]th layer line  */
        llDataParaTypeInteger   nm;      /* [l] = t*[n]+s*[m] */
        llComplex*              data;    /* Layer line data */
    	llDataParaTypeInteger   Side;    /* Near/Far Side/Average */
        llDataParaTypeInteger   nR;      /* Number of layer line data */

    	llDataParaTypeReal     Z;
    	llDataParaTypeInteger iZ;
    	llDataParaTypeReal     RMin; /* Radial R Info */
    	llDataParaTypeInteger iRMin;
    	llDataParaTypeReal     RMax;
    	llDataParaTypeInteger iRMax;
    	llDataParaTypeReal    delBR;
    	llDataParaTypeReal    Fmax;  /* Fmax */
        long dummy;
    } oneLLData;

    typedef struct llData {
        llDataMode            mode;
        llDataParaTypeInteger llMax;
        llDataParaTypeInteger nRMax;
        llDataParaTypeReal    truePitch;
        llDataParaTypeReal    Weight;
        llDataParaTypeReal    rScale;
    	llDataPole            Pole;
    	llDataParaTypeReal    Side;
    	llDataParaTypeInteger RRInfoSet;
    	llDataParaTypeInteger FmaxSet;
    	llDataParaTypeInteger RValueSet;
    	llDataParaTypeInteger ZValueSet;
        oneLLData* LL;
    } llData;

    typedef struct llDataBoth {
    	llData Nea;
    	llData Far;
    } llDataBoth;

    typedef struct llDataAttributes {
        llDataMode            mode;
        llDataParaTypeInteger llMax;
        llDataParaTypeInteger nRMax;
        llDataParaTypeReal    truePitch;
        llDataParaTypeReal    Weight;
        llDataParaTypeReal    rScale;
    	llDataPole            Pole;
    	llDataParaTypeReal    Side;
        oneLLData* LL;
    } llDataAttributes;

    /* in llDataIntensityInformationGet.c */
    typedef struct onelllDataIntensityInformation {
    	int LL;
    	int n;
    	int l;
    	int flagI;
    	double I;
    	int flagPeak;
    	double Peak;
    } onelllDataIntensityInformation;

    typedef struct lllDataIntensityInformation {
    	onelllDataIntensityInformation* onedata;
        llDataParaTypeInteger llMax;
    } lllDataIntensityInformation;

    /* struct end */

    /* prototype begin */
    #ifdef __cplusplus
    extern "C" {
    #endif

    /* in llDataRead.c */
    extern void llDataFileRead(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeInteger* status);
    extern void llDataFileReadFollowingllData(FILE* fpt, llData* ll, llData* Ref, llDataParaTypeInteger* status);
    extern void llDataFileReadFollowingAttributes(FILE* fpt, llData* ll, llDataAttributes* attr, llDataParaTypeInteger* status);

    /* in llDataWrite.c */
    extern void llDataFileWrite(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeInteger* status);

    /* in llDataInit.c */
    extern void llDataInit(llData* ll);
    extern void llDataInitWithReference(llData* ll, llData* ref);
    extern void llDataInitWithReference2(llData* ll, llData* ref, int side);
    extern void llDataHeaderInit(llData* ll);
    extern void llDataDataInit(llData* ll);
    extern void llDataFree(llData* ll);
    extern void llDataHeaderFree(llData* ll);
    extern void llDataDataFree(llData* ll);

    /* in llDataInfo.c */
    extern void llDataInfoPrint(FILE* fpt, llData* ll, long WhichLayer, long WhatInfo);
    extern void llDataInfoPrintUsage(FILE* fpt);

    /* in llDataUtil.c */
    extern void llDataRValueSet(llData* dst, int mode);
    extern void llDataFmaxSet(llData* dst, int mode);
    extern void llDataZValueSet(llData* dst, int mode);

    extern llDataParaTypeInteger* llDataTableBetweenTwollDataCreate(llData* ll1, llData* ll2, int mode);

    extern inline llDataParaTypeReal nearSidePhaseGet(llDataParaTypeReal phase,
        llDataParaTypeInteger nn,
        llDataParaTypeInteger side,
        llDataParaTypeInteger pole);
    extern inline llDataParaTypeReal farSidePhaseGet(llDataParaTypeReal phase,
        llDataParaTypeInteger nn,
        llDataParaTypeInteger side,
        llDataParaTypeInteger pole);
    extern void lllDataAttributeCopy(llData* ll1, llData* ll2);
    extern void lllDataHeaderCopy(llData* ll1, llData* ll2);
    extern void lllDataCopy(llData* ll1, llData* ll2);
    extern void lllDataClear(llData* ll1);
    extern void lllDataMul(llData* ll1, llData* ll2);
    extern void lllDataPoleSet(llData* ll1, llDataPole pole);
    extern void lllDataSideSet(llData* ll1, llDataParaTypeInteger Side);
    extern void lllDataMultiplyReal(llData* ll1, llDataParaTypeReal f);
    extern void lllDataDevidedByReal(llData* ll1, llDataParaTypeReal f);

    /* in lllDataAdd.c */
    extern void lllDataAdd(llData* ll1, llData* ll2);
    extern void lllDataAdd2(llData* ll, llData* ll1, llData* ll2);

    /* in lllDataAvgTo */
    extern void lllDataAvgTo(llData* dst, llData* src, llDataParaTypeInteger Side);
    extern void lllDataAvgToNea(llData* nea, llData* avg);
    extern void lllDataAvgToFar(llData* far, llData* avg);

    /* lllDataWeightSet.c */
    extern void lllDataWeightSet(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeReal w, long mode);
    					/* FILE FORMAT
    					   nn nl weight
    					   ............
    					   Mode 0: llData.LL[].Weight = 0 without Definition
    					*/

    /* llDataGet.c */
    extern inline long llDataValueGet(llData* ll, long l, double R, double* re, double *im);
    extern inline long llDataValueGet2(llData* ll, long nn, long nl, double R, double* re, double *im);
    extern long llDataLayerNumberGet(llData* ll, long n, long l);
    extern long llDataNLNumberGet(llData* ll);

    /* llDataSet.c */
    extern void llDataFandPHISet(llData* ll);
    extern void llDataReAndImSet(llData* ll);
    extern void llDataRRSet(llData* ll);
    extern void llDataRRInfoSet(llData* ll);
    extern void llDataAttributesSet2(llData* dst, llData* src);

    /* llDataCheck.c */
    extern long llDataSizeCheck(llData* ll1, llData* ll2, char* message);

    /* in llDataIntensityInformationGet.c */
    extern void lllDataIntensityInformationGet(llData* in, lllDataIntensityInformation* data, int mode);

    /* in llDataError.h */
    extern void llDataError(char* s);
    extern void llDataErrorMessage(void);

    #ifdef __cplusplus
    };
    #endif

    /* prototype end */

    #endif /* LL_DATA_H */